今天我们所探讨的综合理科或综合课程，在教育指导思想、课程价值目标和教学内容等方面都与半个世纪前的合科有很大区别，也绝非是“十年动乱”时期的“综合”，但是，在综合理科的实施过程中，我们遇到了一些需要努力克服的问题。1.师资方面的问题。目前的学科任课教师，尤其是理、化、生教师的专业知识难以适应综合课程教育的需要。2.教材方面的问题。编写出较高质量的综合课教材是一项学术性很强的事，在世界上成功的经验也不多。由于目前中考、高考仍然采取的是分科目考试的办法，教材编写中部正视这一现实问题，显然是不可能的，但过多地考虑这一问题，又会影响综合课程编写的初衷和指导思想。另外，综合课程如何进行综合化，在什么层面上进行综合都是需要进行大量的研究才能解决的问题。3.教学管理方面的问题。以往学校教学管理，都是在分科课程的体系下进行的。实施综合课程后，如何分哦诶课程，如何调用教室，如何计算教室的工作量，如何对教授综合课程的教师进行业务考评和晋升职务等等，这些都是需要科学地给予解决的问题。4.配套方面的问题，实施综合课程就要求学校在软件和硬件上都须有配套的措施。比如，师范教育如何培养出众综合课教师，分科课程的实验室如何满足综合科实验的需要等等。